Однако если частота нового мутантного гена достигнет 30%, она, скорее всего, будет расти и дальше. В конце концов во второй фазе эволюции мутантная форма гена (мутантный аллель) может полностью вытеснить старую, конкурирующую форму того же гена (старый аллель). Есть еще одна возможность — сочетание двух аллелей у одной особи (которая тогда называется гетерозиготной по данному гену) оказывается более выгодным с точки зрения приспособленности, чем присутствие одного и того же аллеля (любого из двух) в двойном размере (такие особи называются гомозиготными). Тогда установится определенное равновесие между частотой мутантных и частотой «обычных» особей, но ни один из генов не вытеснит другой. Хрестоматийный пример — ген серповидно-клеточной анемии, распространенный в малярийных районах от Африки до Индии. Его присутствие «в двойном размере» приводит к развитию тяжелой анемии, часто с летальным исходом. Его отсутствие (то есть присутствие двух нормальных аллелей) приводит к высокому риску заболеть малярией. А вот гетерозиготное состояние (один аллель гена серповидно-клеточной анемии и один «нормальный» аллель) защищает его носителя и от анемии серповидных клеток, и от малярии. В результате в малярийных районах частота обоих генов высока. Их относительное равновесие поддерживается давлением отбора по фактору устойчивости к малярии.

После расхождения линий человека и шимпанзе генетическая судьба людей подчинялась определенной общей закономерности, по-видимому, характерной для животных вообще. Эта закономерность, если она действительно существует, имеет огромное значение для понимания того, как люди стали людьми. Речь идет вот о чем: кодирующие части генов, контролирующие изменения в структуре ферментов и других белков, регулируют экспрессию признаков в определенных тканях, например тех, которые отвечают за иммунный ответ, чувство запаха, продукцию спермы. Наоборот, некодирующие части генов, которые регулируют наследственные процессы развития, определяемые кодирующими частями, более активны в том, что касается развития и функционирования нервной системы. Так вот, возможно (хотя пока не доказано окончательно), что ключевую роль в эволюции сознания играли некодирующие части генов, то есть именно они определили те изменения, которые сделали нас людьми.